（一）特有的形制。云居寺座西向东，是面向东方伸开双臂的一个巨人；一手托着一座宝塔，五层院落、六进主殿藏金身。有一首诗这样形容云居寺的形制：上下落差三百米，不在云里在雾里；南北两臂托宝塔，金身掩在金殿里。

（二）特殊的意义。云居寺因经而寺，寺以经贵，是佛法芸集的之所，所以云居寺是以法身佛毗卢遮那佛为主佛，以毗卢殿为主殿。